1.  Miyamoto, T., Nakamura, T., Nagao, I. and Obokata, J. (2000) Quantitative analysis of the transiently

    expressed mRNA level in particle bombarded tobacco seedlings. Plant Mol Biol Report 18:101-1


2.  Nakamura, M., Tsunoda, T., Yoshitsugu, T., Hibino, H. and Obokata, J. (2001) Core promoter

     architecture characteristic of photosynthesis nuclear genes. In PS2001:Proceedings:12th International

     Congress on Photosynthesis. CSIRO PUBLISHING (CD publication)


3.  Matsuo, M. and Obokata, J. (2001) Redox regulation of PSI nuclear genes through photosynthetic

    electron flow. In PS2001: Proceedings:12th International Congress on Photosynthesis. CSIRO

    PUBLISHING (CD publication)


4.  Miyamoto, T., Obokata, J., Wakasugi, T. and Sugiura, M. (2001) Invitro analysis of cis-elements and

    trans-factors for the RNA editing of tobacco chloroplast psbE and petB mRNAs. In PS2001:

    Proceedings:12th International Congress on Photosynthesis. CSIRO PUBLISHING (CD publication)


5.  小保方潤一 (2001) 転写因子結合シス配列の構造と機能. 岩淵雅樹、篠崎一雄 編、植物ゲノム機能の

  ダイナミズム pp3-7 シュプリンガーフェアラーク出版 東京


6.  Nakamura, M., Tsunoda, T. and Obokata, J. (2002) Photosynthesis nuclear genes generally lack

   TATA boxes: a tobacco PhotosystemI gene responds to light through an initiator. Plant J. 29:1-10


7.  小保方潤一 (2002) 葉緑体から核へ移った遺伝子ー新しい発現制御系はどのように生まれたか?

     遺伝、56:73-77


8.  Miyamoto, T., Obokata, J. and Sugiura, M. (2002) Recognition of RNA editing sites is directed by

    unique proteins in chloroplasts: Biochemical identification of cis-acting elements and trans-acting

    factors involved in RNA editing in tobacco and pea chloroplasts. Mol Cell Biol 22:6726-6734


9.  Matsuo, M. and Obokata, J. (2002) Dual roles of photosynthetic electron transport in Photosystem I

    biogenesis: Light induction of mRNAs and a chlomatic regulation at post-mRNA level.

    Plant Cell Physiol. 43:1189-1197


10. Sherameti, I., Nakamura, M., Yamamoto, Y.Y., Pfannschmidt, T., Obokata, J. and Oelmueller, R.

    (2002) Polyribosome loading of spinach mRNAs for photosystem I subunits is controlled by the

     photosynthetic electron transport: A crucial cis-element in the spinach PsaD gene is located in the

     5'-untranslated region. Plant J. 32:631-639


11. Hasegawa,K., Yukawa,Y., Obokata, J. and Sugiura, M. (2003) The tRNALeu-like sequence within the

   promoter of an Arabidopsis clock-regulated gene is functional: efficient transcription by an RNA

    polymerase-III dependent in vitro transcription system. Gene 307:133-139


12. Sasaki, T., Yukawa,Y., T.Miyamoto, J.Obokata and Sugiura, M. (2003) Identificatioin of RNA editing

    sites in chloroplast transcripts from the maternal and paternal progenitors of tobacco (Nicotiana

    tabacum) :comparative analysis shows the involvement of distinct trans-factors for ndhB editing.

    Molecular Biology and Evolution 20:1028-1035


13. Nakamura, T., Furuhashi, Y., Hasegawa, K., Hashimoto, H., Watanabe, K., Obokata, J., Sugita, M.

    and Sugiura, M. (2003) Array-based analysis on tobacco plastid transcripts: preparation of a genomic

    microarray containing all genes and intergenic regions. Plant Cell Physiol 44:861-867


14. Nagao, I. and Obokata, J. (2003) Poly(U) motif in the 5' untranslated region enhances the

    translational efficiency of the b-glucuronidase mRNA in transgenic tobacco.

    Plant Science 165:621-626


15. Miyamoto, T., Obokata, J. and Sugiura, M. (2004) A site-specific factor interacts directly with its 

    cognate RNA editing site in chloroplast transcripts. Proc Natl Acad Sci USA 101:48-52


16. Nagao, I., Masuyama, K. and Obokata, J. (2004) In vitro evolution of translational regulatory cis-

    elements. Endocytobiosis Cell Res 15: 385-389


17. Nakamura, M., Tsunoda, T., Yoshitsugu, T. and Obokata, J. (2004) Core promoter diversity and

    photosynthesis gene regulation. Endocytobiosis Cell Res 15: 300-308


18. Hirose, T., Miyamoto, T., Obokata, J. and Sugiura, M. (2004) In vitro editing system from higher plant

    chloroplasts. Methods in Molecular Biology 265: 333-344


19. Matsuo, M., Ito, Y., Yamauchi, R. and Obokata,J.(2005) Rice nuclear genome continuously integrates

   shuffles and eliminates the chloroplast genome to cause chloroplast-nuclear DNA flux.

    Plant Cell 17:665-675


20. 宮本徹也、小保方潤一、杉浦昌弘(2005) 葉緑体の転写後制御と翻訳. 蛋白質核酸酵素,  50巻 

     1853-1856頁


21. 小保方潤一(2005) 葉緑体DNAの核への転移. 蛋白質核酸酵素, 50巻1843-1844頁


22. 小保方潤一(2005) C-to-U RNA 編集. 医学のあゆみ Vol.215 pp 3511-3514


23. Nagao,I.and Obokata,J. (2006) In vitro selection of translational regulatory elements. 

    Anal Biochem 354:1-7


24. Matsuo,M. and Obokata,J. (2006) Remote control of photosynthetic genes by the mitochondrial

    respiratory chain. Plant J  47:873-882


25. Yamamoto,YY.,Ichida,H,,Matsui,M,,Obokata,J,,Sakurai,T,,Satou,M,,Seki,M,,Shinozaki,K,,Abe, T.(2007)

    Identification of plant promoter constituents by analysis of local dstribution of short sequences.

    BMC Genomics 8:67


26. 小保方潤一 (2007) 流動するゲノム ー葉緑体DNAから垣間見る真核ゲノムの動態ー 現代化学 436巻 46-47頁


27. Yamamoto, YY., Ichida, H.,Abe, T., Suzuki, Y., Sugano, S. and Obokata, J.(2007)  

  Differentiation of core promoter architecture between plants and mammals revealed by LDSS analysis.

  Nucleic Acids Res 35:6219-6226


28. Kobayashi, Y., Matsuo, M., Sakamoto, K., Wakasugi, T., Yamada, K. and Obokata, J.(2008)

     Two RNA editing sites with cis-acting elements of moderate sequence identity are recognized by

     an identical site-recognition protein in tobacco chloroplasts. Nucleic Acids Res 36:311-318


29. Yamamoto, YY. and Obokata, J.(2008)

  ppdb: a plant promoter database. Nucleic Acids Res 36(database issue) D977-981


  1. 30.Shikanai,T. and Obokata, J.(2008)Machinery of RNA editing in plant organelles. In Frontiers of RNA and DNA Editing(ed. by Harold C. Smith)Wiley Press  ISBN: 978-0-470-10991-5


  1. 31.小保方潤一(2008)遺伝子が「一生を過ごす」場としてのゲノム 生るー生命誌年刊号 vol 53-56 101-107頁 JT生命誌研究館 ISBN:978-4-7885-1100-2


  1. 32.Takabayashi,A.,Ishikawa,N., Obayashi,T., Ishida,S., Obokata,J.,Endo,T. and Sato, F.,(2008) Three novel subunits of Arabidopsis chloroplastic NAD(P)H dehydrogenase identified by bioinformatic and reverse genetic approaches.  Plant J. 57:207-219


  1. 33.山本義治、種村尚典、遊佐陽一、平野弥生、平野義明、本村泰三、小保方潤一(2008)光合成をするウミウシ.   うみうし通信 60:10-11


  1. 34.山本義治、小保方潤一(2009)タバコ. 北海道大学低温科学研究所・日本光合成研究会共編 光合成研究法 低温科学 第67巻 39-41頁


  1. 35.長尾一生、山本義治、小保方潤一(2009)タバコ形質転換法. 北海道大学低温科学研究所・日本光合成研究会共編 光合成研究法 低温科学 第67巻 617-621頁


  1. 36.Yamamoto, YY., Yoshitsugu, T., Sakurai, T., Seki, M., Shinozaki, K. and Obokata, J. (2009) Heterogeneity of Arabidopsis core promoters revealed by high density TSS analysis Plant J.60:350-362


  1. 37.小保方潤一(2009)尾張部克志・他編 ベーシックマスターシリーズ細胞生物学 第1章 細胞の誕生 オーム社、東京


  1. 38.Yamamoto, YY., Yusa, Y., Yamamoto, S,. Hirano, Y., Hirano Y., Motomura, T., Tanemura, T. and Obokata, J.(2009) Identification of photosynhetic sacoglossans from Japan. Endocytobiosis Cell Res 19:112-119 http://zs.thulb.uni-jena.de/receive/jportal_jparticle_00153037


  1. 39.Yamamoto YY, Obokata J. (2009) Extraction of position-sensitive promoter constituents In Computational biology:new research, Russe AS (ed), (Hauppauge, NY, Nova Science Publishers) pp361-373.


  1. 40.Matsuo, M., Hachisu, R., Tabata, S., Fukuzawa, H. and Obokata, J.(2010) Transcriptome analysis of respiration-responsive genes in Chlamydomonas reinhardtii: Mitochondrial retrograde signaling coordinates the genes for cell proliferation with energy-producing metabolisms.  Plant and Cell Physiology  doi:10.1093/pcp/pcq192


  1. 41.Yamamoto YY., Yoshioka Y., Hyakumachi M., Obokata J. (2011) Characteristics of core promoter types with respect to gene structure and expression in Arabidopsis thaliana. DNA Res. published online July 10, 2011 doi:10.1093/dnares/dsr020


  1. 42.Yagi,Y., Tachikawa, M., Noguchi, H., Satoh, S., Obokata, J and Nakamura, T. (2013) Pentatricopeptide repeat proteins involved in plant organellar RNA editing.  RNA Biology 10:9,1-7


  1. 43.Hieno, A., Naznin, A., Hyakumachi,, M., Sakurai, T., Tokizawa, M., Koyama, H., Sato, N., Nishiyama, T., Hasebe, H., Zimmer, A. D., Lang, D., Reski, R., Rensing, S., Obokata, J. and Yamamoto, Y.Y. (2013) ppdb: Plant Promoter Database ver. 3.0.  Nucl. Acids Res.  42:D1188-D1192


  1. 44.小保方潤一 (2014) 細胞進化の証人たち 第11回 細胞小器官だけを盗み取るという共生進化の変則技, 多細胞動物の植物化モデル:光合成ウミウシ


  1. 45.Matsuo M.,Johnson, J.M., Hieno, A., Tokizawa, M., Nomoto, M., Tada, Y., Godfry, R., Obokata, J., Sheramati, I., Yamamoto, Y.Y., Böhmer, F-D. and Oelmüller, R. (2015) High REDOX RESPONSIVE TRANSCRIPTION FACTOR1 levels result in accumulation of reactive oxygen species in Arabidopsis thaliana shoots and roots.  Mol.Plant 8:1253-1273


  1. 46.Kunugi, M., Satoh, S., Ihara, K., Shibata, K., Yamagishi, Y., Kogame, K., Obokata, J., Takabayashi, A., Tanaka, A. (2016) Evolution of Green Plants Accompanied Changes in Light-Harvesting Systems. Plant Cell Physiol. Published online: April 6,


  1. 47.Kudo, H., Matsuo, M., Satoh, S., Hachisu, R., Nakamur, M., Yamamoto Y.Y., Kimura, H., Matsui, M. and Obokata, J.  Cryptic promoter activation occurs by two different mechanisms in the plant genome. (in preparation for resubmission)


  1. 48.Babiychuk, E., Hoang, K.H.,  Vandepoele, K., , Van De Slijke, E., Geelen, D., Jaeger, G.D., Obokata, J.  and  Kushnir, S.  The mutation nrpb1-A325V in the largest subunit of RNA polymerase II suppresses compromised growth of Arabidopsis plants deficient in a function of the general transcription factor IIF.  

  Plant J.


  1. 49.Ishii, H., Yasui, T., Satoh, S.,  Matsuo, M., Motomura, T. and Obokata, J. ,Fluorescent labeling of cellular organelles of the coenocytic marine alga Bryopsis plumosa (Caulerpales, Chlorophyta) by biolistic bombardment  (in preparation for resubmission)


  1. 50.Satoh, S., Hata, T., Takada, N.,  Tachikawa, M.,  Matsuo, M., Kushnir, S. and  Obokata, J.   Integration-

       dependent ubiquitous transcription activation mechanism of the plant genome  (in preparation)


  1. 51.Ishii, H., Yasui, T., Satoh, S.,  Matsuo, M., Hirano, Y.,  Motomura, T. and Obokata, J.  Fluorescent labeling of kleptoplasts in a photosynthetic sea slug Elysia ornata.  (in preparation)



  1. 52.Matsuo, M., Katahata, A., Satoh, S., Matsuzaki, M., Nomura, M., Sshida, K, Ingaki, Y. and Obokata, J.  Characterization of spliced leader trans-splicing in a photosynthetic rhizarian amoeba, Paulinella chromatophora, and its possible role in functional gene transfer. (submitted)














   

   

論文・著書など(2000年以降)

学会等の一般発表(口頭発表、ポスター発表)

招待講演・シンポジウム・セミナー(2000年以降)

特許出願

米国特許認可

1.「mRNAの潜在的翻訳制御因子のスクリーニング法」

  特許願2000年9月25日出願 出願番号:特願2000-291084

  発明人:長尾一生、小保方潤一、  出願人:トヨタ自動車株式会社

1.「Methods of screening potential translational regulatory elements of mRNAs」

  Patent No.:6558909 Issue Date:15/06/2003

  Applicants: Issei Nagao and Junichi Obokata

1. 小保方潤一「葉緑体から核への遺伝子転移ー発現制御因子の獲得をどう説明するかー」

  「藍色細菌の誕生過程」に関する研究会(東京)2000年10月5日


2. Obokata,J. 「In vitro analysis of RNA editing in chloroplasts」Gordon Research Conference of RNA editing,

  Ventura,  January 22, 2001


3. Obokata,J. 「Core promoter architecture characteristic of photosynthesis nuclear genes」

     University of Munich, February 15,2001


4. 小保方潤一「光合成核遺伝子群に特有なプロモーター構造:葉緑体ゲノムから核ゲノムへの遺伝子転移は

  どのようにして 生じたのか?」 岡山県生物科学総合研究所 RIBS セミナー(岡山)2001年3月16日


5. 小保方潤一「光合成核遺伝子群に特有なプロモーター構造:葉緑体ゲノムから核ゲノムへの遺伝子転移は

  どのようにして 生じたのか?」 理研GSCセミナー(和光)2001年5月12日


6. Obokata, J. 「Core promoter heterogeneity responsible for photosynthesis gene regulation」International

   Satellite Conference on CHLOROPLATS: DEVELOPMENT AND FUNCTION. New Delhi, August 13, 2001


7. Nakamura.M., T.Tsunoda, T.Yoshitsugu, H.Hibino and J. Obokata 「Core promoter architecture

   characteristic of photosynthesis nuclear genes 」The 12th International Congress on Photosynthesis.

   Brisbane, August 20,2001


8. 小保方潤一「光合成遺伝子制御系の進化:ランダム事象の裏表」

   日本植物学会第65回大会 シンポジウム「光合成の進化:植物の進化の原点」(東京)2001年9月26日


9. Obokata,J. 「Enigmas of photosynthesis nuclear gene promoters: their structure, function and origin」

   Ishida Memorial International Symposium on the Chloroplas Genome. Nagoya, October 17,2001.


10.小保方潤一「光合成核遺伝子プロモーターの奇妙な成立ち:その機能と起源」

    第4回植物オルガネラワークショップ(岡山)2002年3月27日


11.小保方潤一「クラミドモナスをモデルとしたオルガネラ間相互作用の解析」

    日本植物学会第66回大会 シンポジウム「多様性に見いだす一様性〜研究素材としての藻類の魅力〜」

   (京都)2002年9月23日


12.Obokata,J. 「Chloroplast RNA editing in higher plants: cis-elements and trans-acting factors identified by

     In vitro systems」Gordon Research Conference of RNA editing, Ventura, January 23,2003


13.Nakamura, M., Yoshitsugu, T., Kikuchi,M., Hasegawa, K. and Obokata, J.

     Core promoter Requirement of Photosystem I Genes is quite different from that of the Majority of Plant

     Nuclear Genes.   One-Overhead Poster Presentation in Plant Biology 2003, July 25-30, 2003, Honolulu


14.小保方潤一「葉緑体から核への遺伝子転移:どのように転移し、どのように発現したのか?」

   日本植物学会第67回大会 シンポジウム 「シンビオジェネシスー葉緑体はどうやって生まれたか?ー」

   (札幌)2003年9月26日


15.Obokata,J. 「Core promoter architecture characteristic of photosynthesis nuclear genes」

     Joint Japan-Swiss Scientific Seminar "Biogenesis, Function and Acclimation of the Photosynthetic    

     Apparatus" Kurashiki, September 30,2003


16.小保方潤一「植物ゲノムのダイナミズムとプロモーターの新生」

  第1回名古屋大学遺伝子実験施設シンポジウム 「ゲノム研究から見えてくること」2004年3月15日

  名古屋大学野依学術交流館


17.Obokata,J. 「Chloroplast-nuclear DNA flux and evolution of photosynthesis gene systems.」

     Symposium "Photosynthesis: Evolutionary Aspects" 14th International Congress on Photobiology, Jeju,

     Korea, June 13, 2004


18.小保方潤一「葉緑体から核へ向かうDNAフラックスと真核ゲノムのもつプロモーター新生能」日本進化学会第6回大会

     ワークショップ「シンビオジェネシス:真核生物オルガネラの誕生と進化のメカニズム」

   (東京)2004年8月6日  


19.小保方潤一 「ゲノム進化の舞台裏を探るーゲノムの流動性とプロモーターの発生」

     第228回細胞工学研究会セミナー、第120回遺伝子機能解析分野セミナー、健康長寿社会を創出するための

     医工農連携プロジェクトセミナー、島根大学生物資源科学部 2004年11月18日


20.小保方潤一「ゲノムの流動性とプロモーターの発生」

     DNA 研究会第235回例会 東海大学交友会館 2004年11月25日


21.Obokata,J. 「Chloroplast-Nuclear DNA flux and Biogenesis of Eukaryotic promoters」

    第20回国際生物学賞 記念シンポジウム「真核細胞ーその起源、進化、多様性ー」日本学士院2004年12月1日


22.小保方潤一「植物遺伝子の生成と発現レベルでの多様性獲得機構」第27回日本分子生物学会年会

     ワークショップ「タンパク質の多様性獲得戦略」(神戸)2004年12月10日


23.Obokata,J. 「Cis and trans-acting factors for RNA editing in chloroplasts」

     Gordon Research Conference of RNA editing, Ventura, January 24, 2005


24.小保方潤一「葉緑体から核への遺伝子転移」 

   日本進化学会2006年大会シンポジウム「光合成細胞の進化と細胞内共生」(東京) 2006年8月31日 


25.小保方潤一 「植物ゲノムの流動性とプロモーターの生成 ー葉緑体から核への遺伝子転移は

   どのように生じたかー」2006 Kyushu University Front Researcher Development Program Symposium

     九州大学生物学科院生が選ぶー今、最も話が聞きたい研究者  (九州大学)2006年11月5日


26.小保方潤一 「植物ゲノムの流動性と進化ーDNAフラックスとプロモーターの出現からー」

    第2回名古屋大学遺伝子実験施設シンポジウム「ゲノム研究で何が分かるか」2007年3月9日 名古屋大学野依学術交流館


27.山本義治、小保方潤一 「光合成細胞のプロモーター構造」

   第9回植物オルガネラワークショップ(松山)2007年3月27日


28.松尾充啓、小保方潤一 「単細胞緑藻で探る葉緑体とミトコンドリアの相互作用」 

  ミニシンポジウム 藻類:分子遺伝学の新しいモデル実験系、 

  日本遺伝学会第79回大会 2007年9月19-21日、岡山大学、岡山


29.小保方潤一「植物ゲノムの流動性とプロモーターの出現」

  京都植物バイテク談話会,第6回植物バイテクシンポジウム「植物分子生物学の最前線」2007年11月8日 京都府立大学


30,小保方潤一「植物ゲノムの謎を追う! みどりの植物はどのように生まれたのか?」2008年7月27日 

  京都府立大学オープンキャンパス 農学生命科学科模擬授業


31.小保方潤一「オルガネラから核への遺伝子移動はどのように生じるのか? —植物ゲノムの流動性とプロモーターの出現」

       第73回岩手大学COEフォーラム 2008年9月26日、岩手大学、盛岡


32.小保方潤一「包括的ゲノム解析が明らかにする 植物ゲノムの流動性とプロモーターのダイナミズム」

    第8回名古屋大学遺伝子実験施設公開セミナー「新たなDNA解析:次世代DNA解析のすべてとDNA解析の新分野への展開」

   2008年12月16日 名古屋大学環境総合館 名古屋


33.小保方潤一「葉緑体から核への遺伝子移動はどのように生じるのか?」

  第4回「光計測技術と生物発光リアルタイム測定システムの応用」研究会 2009年3月6日 名古屋大学野依学術交流館


34.小保方潤一「植物ゲノムの流動性とプロモーターのダイナミズム」

  第2回連携大学院セミナー京都 植物オルガネラ研究の新展開 2009年3月14日 京都府立大学、京都


35.小保方潤一「植物ゲノムの流動性とプロモーターのダイナミズム」 

  第4回京都三大学連携研究フォーラム「ヘルスサイエンスの総合化」2009年3月17日 京都工芸繊維大学、京都


  1. 36.松尾充啓、福澤秀哉、田畑哲之、小保方潤一「クラミドモナスにおけるオルガネラ間相互作用の解析 ー単細胞藻類だからみえること」第7回クラミドモナスワークショップ 2009年3月26日 名古屋大学野依学術交流館

  2. 37.小保方潤一 「植物ゲノムの流動性とプロモーターのダイナミズム-オルガネラから核への遺伝子移動はどのように生じるのか?」 2009年度日本植物学会近畿支部会・藻類談話会合同大会  2009年11月14日 神戸大学 瀧川記念学術交流会館

  3. 38.Obokata, J.「How the chloroplast-nucelar genome system has evolved in plants」 ISBDS2010  International Symposium on Biodiversity Sciences  “Genome, Evolution and Environment”    August 2, 2010, Hotel Rubura Ohzan, Nagoya

  4. 39.小保方潤一「一次共生者の遺伝子群はどのように宿主核の発現系に取り込まれるのか」 ワークショップ:細胞内共生オルガネラが駆動する生物の進化と多様性  第33回日本分子生物学会年会 2010年12月9日 神戸ポートアイランド 神戸

  5. 40.小保方潤一「植物プロモーターの可塑性とエピゲノム」 17回 植物バイテクシンポジウム「エピゲノム研究の展開と植物科学」2011年1月27日 京都府立大学

  6. 41.小保方潤一「ゲノム科学から見た植物園」 京都府立大学大学院生命環境科学研究科公開シンポジウム:大学と植物園連携の新しい形を探る 2011年8月20日 京都府立大学

  7. 42.小保方潤一「植物ゲノムの謎を解く!光を食べる生き物たち」京都府立大学公開講座「桜楓講座」2011年10月29日   京都府立大学

  8. 43.小保方 潤一  「マトリョーシカ型進化とゲノム」日本植物学会第76回大会 (シンポジウム/ マトリョーシカ型進化と植物: その多様性から分子基盤まで) 2012年9月15日 姫路

  9. 44.小保方潤一 「生物間の多様性と柔らかなゲノム」 第13回 積水化学 自然に学ぶものづくりフォーラム 2015年10月14日 イイノホール・カンファレンスセンター 東京

  10. 45.佐藤壮一郎「植物ゲノムに組み込まれた遺伝子はどのように転写されるのか?」 第41回植物バイテクシンポジウム「これからの植物科学」2016年1月22日 京都産業大学

46. 松尾充啓、潟端篤、水口洋平、野口英樹、豊田敦、藤山秋佐夫、鈴木穣、佐藤壮一郎、中山卓郎、神川龍馬、野村真未,  

     稲垣祐司4、石田健一郎、小保方潤一

  真核光合成生物はどのように生まれたか? ー光合成有殻アメーバのゲノム解析から見えてきた一次細胞内共生進化の

 初期プロセスー

    第19回植物オルガネラワークショップ「植物オルガネラの進化と機能、そして可能性」 2017年3月15日 鹿児島

  1. 47.Obokata, J.Lessons from two unique model systems: how horizontal and encosymbiotic gene transfer occurs.」.XVIII Annual meeting of the International Society of Endocytobiology German section (ISE-G) September 3-6  2017       Konstanz, Germany


 

2000年


1.中邨真之、小保方潤一

タバコ光化学系I核遺伝子psaDbの光応答性転写制御機構に与えるカルシウムの影響

日本植物生理学会2000年度年会 2000年3月27日〜29日 名古屋


2.長尾一生、小保方潤一

In vitro 分子進化を用いた植物翻訳制御因子の解析

日本植物生理学会2000年度年会 2000年3月27日〜29日 名古屋


3.宮本徹也、長尾一生、小保方潤一

タバコ光化学系・遺伝子psaDbの翻訳効率に影響を及ぼすシス領域の解析

日本植物生理学会2000年度年会 2000年3月27〜29日 名古屋


4.Matsuo, M. and Obokata, J.

PS I genes are activated in response to photosynthetic electron flow.

Chlmamy 2000 : Ninth International Conference on the Cell and Mollecular Biology of Chlamydomonas. Noordwijkerhout, The Netherlands May 21〜26


5.Nakamura, M. andObokata, J.

Core promoter selectivity of tobacco psaDb gene: light responsive transcription requires initiator element but not TATA box.

6th International Congress of Plant Molecular Biology. June 18〜24, Quebec, Canada 2000


6.Yoshitsugu, T., Nakamura, M., Tsunoda, T., Seki, H., Shinozaki, K. and Obokata, J.

Core promoters of nuclear-encoded photosynthesis genes generally lack TATA box

6th International Congress of Plant Molecular Biology. June 18〜24, Quebec, Canada 2000


7.中邨真之、Gerit Weinzierl、Irena Sherameti、井村あゆみ、日比野浩之、 Ralf Oelmueller、小保方潤一

TATAボックス非依存的な転写を行うアラビドプシス光化学系I核遺伝子群の光応答性発現の解析

23回日本分子生物学会年会 2000年12月13日〜16日 神戸


8.吉次友昭、中邨真之、角田達彦、関原明、篠崎一雄、小保方潤一

光合成核遺伝子のコアプロモーターは一般的にTATAボックス欠損型である

23回日本分子生物学会年会 2000年12月13日〜16日 神戸


9.長尾一生、小保方潤一

翻訳制御シス配列のin vitro 進化

23回日本分子生物学会年会 2000年12月13日〜16日 神戸


10.長谷川桂子、湯川泰、杉浦昌弘、小保方潤一

RNA結合タンパク質遺伝子Atgrp7のプロモーター領域に存在するtRNA様配列のin vitroによる転写解析

23回日本分子生物学会年会 2000年12月13日〜16日 神戸


11.宮本徹也、杉浦昌弘、小保方潤一

葉緑体遺伝子petBとpsbEでのRNAエディティングに関わるシス−トランス因子

23回日本分子生物学会年会 2000年12月13日〜16日 神戸



2001年


1.中邨真之、吉次友昭、角田達彦、Gerit Weinzierl、Irena Sheramaeti、日比野浩之、井村あゆみ、杉浦昌弘、Ralf Oelmueller、小保方潤一

植物TATA欠損プロモーターの体系的解析

日本植物生理学会2001年度年会 2001年3月23日〜26日 福岡


2.松尾充啓、小保方潤一

呼吸鎖に応答した光化学系I遺伝子の発現調節

日本植物生理学会2001年度年会 2001年3月23日〜26日 福岡


3.Matsuo, M. and Obokata, J.

Redox regulation of PSI nuclear genes through photosynthetic electron flow.

The 12th International Congress on Photosynthesis. Brisbane, August 2001


4.Miyamoto, T., Obokata, J., Wakasugi, T. and Sugiura, M.

In vitro analysis of cis-elements and trans-factors for the RNA editing of tobacco chloroplast psbE and petB mRNAs

The 12th International Congress on Photosynthesis. Brisbane, August 2001


5.Nakamura, M., Yoshitsugu, T., Tsunoda, T. and Obokata, J.

TATA-less promoter architecutre is a common feature shared by the most of thylakoid membrane protein genes.

The 8th International Congress on Endocytobiology and Symbiosis. Nagoya, October 2001


6.Miyamoato, T., Obokata, J., Wakasugi, T. and Suigura, M.

Identification of cis-elements for the RNA editing of tobacco chloroplast psbE and petB mRNAs.

The 8th International Congress on Endocytobiology and Symbiosis. Nagoya, October 2001


7.Matsuo, M. and Obokata, J.

Redox signals generated within the chloroplasts regulate the nuclear-encodedPSI subunit genes.

The 8th International Congress on Endocytobiology and Symbiosis. Nagoya, October 2001


8.Sasaki, T., Miyamoto, T., Yukawa, Y., Obkata, J. and Sugiura, M.

Comparative analysis of chloroplast RNA editing sites among Nicotiana species.

The 8th International Congress on Endocytobiology and Symbiosis. Nagoya, October 2001


9.Nagao, I., Masuyama, K. and Obokata, J.

In vitro evolution of translational cis-regulatory elements.

The 8th International Congress on Endocytobiology and Symbiosis. Nagoya, October 2001


10.中邨真之、Gerit Weinzierl、Irena Sheramaeti、日比野浩之、Ralf Oelmueller、小保方潤一

TATAボックスとイニシエーターを欠く光化学系I核遺伝子プロモーターの解析

24回日本分子生物学会年会 2001年12月9日〜12日 横浜


11.宮本徹也、小保方潤一、杉浦昌弘

葉緑体RNAエディティングにおけるエディティング部位と部位特異的因子の共進化

24回日本分子生物学会年会 2001年12月9日〜12日 横浜


12.佐々木忠将、宮本徹也、湯川泰、小保方潤一、杉浦昌弘

タバコ祖先種の葉緑体におけるRNAエディティング部位の解析

24回日本分子生物学会年会 2001年12月9日〜12日 横浜


13.長谷川桂子、角田達彦、杉浦昌弘、小保方潤一

Arabidopsis thalianaの光合成遺伝子Lhcファミリーにおけるコアプロモーター配列の解析

24回日本分子生物学会年会 2001年12月9日〜12日 横浜


14.増山郁、長尾一生、小保方潤一

ウサギ網状赤血球由来のin vitroタンパク質合成系を用いた翻訳制御配列のin vitro進化

24回日本分子生物学会年会 2001年12月9日〜12日 横浜



2002年


1.松尾充啓、小保方潤一

葉緑体とミトコンドリアによる光化学系I核遺伝子の発現調節

日本植物生理学会2002年度年会 2002年3月28日〜30日 岡山


2.中邨真之、Gerit Weinzierl、Irena Sheramaeti、日比野浩之、Ralf Oelmueller、小保方潤一

光化学系I核遺伝子におけるコアプロモーターと上流調節領域との選択制

日本植物生理学会2002年度年会 2002年3月28日〜30日 岡山


3.吉次友昭、長谷川桂子、湯川泰、小保方潤一

植物光合成核遺伝子にみられる転写開始点選択機構の解析

日本植物生理学会2002年度年会 2002年3月28日〜30日 岡山


4.山内亮、伊藤有紀、近藤鋭治、木下邦則、松尾充啓、長谷川桂子、中邨真之、小保方潤一、杉浦昌弘

イネ核ゲノムに存在する光合成関連遺伝子群の網羅的解析

25回日本分子生物学会年会 2002年12月12日〜14日 横浜


5.伊藤有紀、孫崇栄、木下邦則、近藤鋭治、小保方潤一、續伯彦、杉浦昌弘

葉緑体成分遺伝子群に関するアノテート・ステーションの構築に向けて

25回日本分子生物学会年会 2002年12月12日〜14日 横浜


6.小川知之、伊藤有紀、山内亮、長谷川桂子、松尾充啓、中邨真之、湯川泰、近藤鋭治、木下邦則、小保方潤一、續伯彦、 杉浦昌弘

イネ葉緑体ゲノムデータベース:Chloroplast Netの構築

25回日本分子生物学会年会 2002年12月12日〜14日 横浜


7.長谷川桂子、湯川泰、伊藤有紀、小保方潤一、杉浦昌弘

イネの光化学系遺伝子 Lhc ファミリーにおけるコアプロモーター配列の解析

25回日本分子生物学会年会 2002年12月12日〜14日 横浜


8.松尾充啓、伊藤有紀、山内亮、近藤鋭治、木下邦則、杉浦昌弘、小保方潤一

イネ核ゲノム中に存在する葉緑体DNA様配列

25回日本分子生物学会年会 2002年12月12日〜14日 横浜


9.菊池正也、中邨真之、小保方潤一

イネにおける上流調節領域とコアプロモーター型との適合性

25回日本分子生物学会年会 2002年12月12日〜14日 横浜


10.中邨真之、菊池正也、小保方潤一

植物遺伝子のコアプロモーター類型と上流調節領域との間にみられる適合性

25回日本分子生物学会年会 2002年12月12日〜14日 横浜


11.宮本徹也、小保方潤一、杉浦昌弘

葉緑体におけるRNAエディティング部位の認識には特異的なタンパク質が関わっている

25回日本分子生物学会年会 2002年12月12日〜14日 横浜



2003年


1.大谷将人、吉次友昭、長谷川桂子、湯川泰、杉浦昌弘、小保方潤一

In vitro 転写系を用いた植物転写開始シグナルの包括的解析

日本植物生理学会2003年度年会 2002年3月27日〜29日 大阪


2.小川 知之、伊藤 有紀、 山内 亮、長谷川 桂子、 松尾 充啓、 中邨真之、湯川 泰、 近藤 鋭治、 木下 邦則、

小保方 潤一、 續 伯彦、杉浦 昌弘

イネの葉緑体遺伝子発現ナビゲーター

日本植物生理学会2003年度年会 2003年3月27日〜29日 大阪


3.Miyamoto, T., Wakasugi, T. and Obokata, J.

Recognition of RNA editing sites is directed by unique proteins in chloroplasts. RNA 2003 Kyoto "The Frontier of RNA Science" November 24-27, Kyoto


4.Nagao, I., Masuyama, K. and Obokata, J.

Systematic Enrichment of Translational Regulatory Elements (SETRE). RNA 2003 Kyoto "The Frontier of RNA Science" November 24-27, Kyoto


5.宮本徹也、小保方潤一、杉浦昌弘

葉緑体RNAエディティングにおけるエディティング部位認識機構

26回日本分子生物学会年会 2003年12月10日〜13日 神戸


6.大谷将人、吉次友昭、長谷川桂子、湯川泰、杉浦昌弘、小保方潤一

In vitro 転写系を用いた転写開始シグナルの包括的解析

26回日本分子生物学会年会 2003年12月10日〜13日 神戸


7.松尾 充啓、伊藤 有紀、 山内 亮、 近藤 鋭治、 木下 邦則、 杉浦昌弘、 小保方 潤一

核に転移した葉緑体DNAの解析

26回日本分子生物学会年会 2003年12月10日〜13日 神戸


8.中邨真之、小川知之、近藤 鋭治、 木下 邦則、小保方 潤一、杉浦昌弘

イネ葉緑体・光合成関連遺伝子データベース(Chloroplast Net)

26回日本分子生物学会年会 2003年12月10日〜13日 神戸


9.小川 知之、湯川 泰、續 伯彦、近藤 鋭治、木下 邦則、小保方 潤一、杉浦 昌弘

イネ低分子RNAの予測手法の開発

26回日本分子生物学会年会 2003年12月10日〜13日 神戸



2004年


1.松尾充啓、伊藤有紀、山内亮、近藤鋭治、木下邦則、杉浦昌 弘、小保方潤一 

イネ核ゲノム中に見いだされる葉緑体ゲノム様配列の包括的解析

日本植物生理学会2004年度年会 2004年3月27日〜29日 東京


2.Obokata, J.

Chloroplast-nuclear DNA flux and promoter biogenesis

The 9th International Congress on Endocytobiology and Symbiosis. Jena Germany, September 2004


3.中邨真之、小川知之、伊藤有紀、近藤鋭治、木下邦則、小保方 潤一、杉浦昌弘

ChloroplastNet - 葉緑体・光合成関連遺伝子データベース

27回日本分子生物学会年会 2004年12月8日〜11日 神戸



2005年


1.松尾充啓、福澤秀哉、田畑哲之、小保方潤一

クラミドモナスのマイクロアレイを用いたミトコンドリア呼吸に応答する遺伝子群の解析

46回日本植物生理学会、2005年3月26日、新潟コンベンションセンター


2.田中亮一、澤進一郎、小保方潤一、田中歩

色素合成およびプラスチドの形態に以上のあるシロイヌナズナchlorina 5変異体の解析

2005年3月25-26日、新潟コンベンションセンター


3.松尾充啓、宮本徹也、小林優介、後藤史和、山田恭司、若杉達也、杉浦昌弘、小保方潤一

葉緑体RNAエディティングに関与する部位特異的因子の多様性

第7回日本RNA学会、2005年8月11日、弘前大学


4.小林優介、後藤史和、山田恭司、杉浦昌弘、小保方潤一、若杉達也

タバコ葉緑体rpoB mRNAのエディティングに必要なシス配列の解析

第7回日本RNA学会、2005年8月9-11日、弘前大学


5.小林優介、松尾充啓、宮本徹也、山田恭司、杉浦昌弘、若杉達也、小保方潤一

葉緑体RNAエディティングに関与する部位特異的なトランス因子群の比較解析

第28回日本分子生物学会、2005年12月7-10日、福岡ヤフードーム


6.蜂須麗、白川彩弓、山本義治、吉積毅、津本裕子、武藤周、越智子、松井南、小保方潤一

遺伝子トラップ植物系統を用いたプロモーターの新生機構の解析

第28回日本分子生物学会、2005年12月7-10日、福岡ヤフードーム



2006年


1.小林優介、阪本康司、宮本徹也、松尾充啓、山田恭司、杉浦昌 弘、若杉達也、小保方潤一

葉緑体RNAエディティングには多様な部位特異的因子が関与する

47回日本植物生理学会、2006年3月19-21日、筑波大学


2.Yoshiharu Y. Yamamoto, Hiroyuki Ichida, Minami Matsui, Junichi Obokata, Yutaka Suzuki, Sumio Sugano, Tetsuya Sakurai, Masakazu Satou, Motoaki Seki, Kazuo Shinozaki, Tomoko Abe

LDSS: Local Distribution of Short Sequences :a novel in silico approach for extraction of promoter constituents from plant and mammalian genomes.

 The 20th Internatinal Congress of Biochemistry and Molecular Biology.  June 18-23,2006, Kyoto


3.小林優介、阪本康司、天野道彦、山田恭司、杉浦昌弘、若杉達 也、小保方潤一

葉緑体抽出液を用いたin vitro RNAエディティング系の改良とそれを用いたシス・トランス因子群の解析

8回日本RNA学会年会 2006年7月18日-20日、淡路市


4.若杉達也、北川智草、天野道彦、小林優介、阪本康司、小保方 潤一、山田恭司

タバコ葉緑体におけるRNAエディティングの効率は明暗条件で変化する

8回日本RNA学会年会 2006年7月18日-20日、淡路市


5.山本義治、市田裕之、阿部知子、鈴木謙、菅野純夫、松井南、佐藤将一、関原明、篠崎一雄、小保方潤一

LDSS法によるプロモーター構成因子の抽出と動植物のプロモーター構造の比較                  

日本進化学会2006年大会 2006年8月29日-31日、東京 


6.山本義治、市田裕之、阿部知子、鈴木穣、菅野純夫、櫻井哲也、佐藤将一、関原明、篠崎一雄、松井南、小保方潤一

動植物ゲノムからのプロモーター構成因子の新規抽出法

日本遺伝学会第78回大会 2006年9月25日、筑波


7.Koji Sakamoto, Yusuke Kobayashi, Tatsuya Wakasugi, Junichi Obokata,

Study on chloroplast RNA editing elements with in vitro editing system

RNA 2006 Izu  December 3-7, 2006, Ohito Hotel, Izu, Japan


8.山本義治、市田裕之、阿部知子、鈴木穣、菅野純夫、櫻井哲也、佐藤将一、関原明、篠崎一雄、松井南、小保方潤一

LDSS法によるプロモーター構成配列の抽出と動植物のプロモーター構造の比較

日本分子生物学会2006フォーラム 2006年12月6日 名古屋



2007年


1.小保方潤一

植物ゲノムの流動性とプロモーターの出現

特定領域研究ゲノム4領域 領域横断植物研究会、2007年3月17日、名古屋大学野依学術交流館、名古屋


2.山本義治、小保方潤一

植物プロモーターの構成要素、転写開始点の大規模同定、プロモーターデータベース

特定領域研究ゲノム4領域 領域横断植物研究会、2007年3月17日、名古屋大学野依学術交流館、名古屋


3.小林優介、阪本康司、若杉達也、小保方潤一

葉緑体RNA編集には共通のトランス因子が関与する

48 回日本植物生理学会年会 2007年3月28日 愛媛大学、松山 


4.天野道彦、北川智草、小林優介、阪本康司、小保方潤一、山田恭司、若杉達也

タバコ葉緑体におけるRNA editingの効率は光に応答して変化する

48 回日本植物生理学会年会 2007年3月28日 愛媛大学、松山


5.山本義治、市田裕之、阿部知子、松井南、鈴木穣、菅野純夫、櫻井哲也、佐藤将一、関原明、篠崎一雄、小保方潤一

in silico解析による動植物ゲノムのコアプロモーター構造の比較

48 回日本植物生理学会年会 2007年3月30日 愛媛大学、松山


6.阪本康司、小林優介、小保方潤一

葉緑体RNA編集における低分子RNA介在の可能性

9回日本RNA学会年会 2007年7月27-30日、名古屋


7.小林優介、松尾充啓、阪本康司、若杉達也、山田恭司、小保方潤一

葉緑体RNA編集の部位認識因子には複数の編集部位を共認識するものがある:そのRNA編集部位の多様化における役割

9回日本RNA学会年会 2007年7月27-30日、名古屋


8.Mitsuhiro Matsuo, Junichi Obokata

Mitochondrial signal and chloroplast signal: their reciprocal roles in regulating chloroplast biogenesis. The 10th International Colloquium on Endocytobiology and Symbiosis. September 10-13 2007 Gmunden,Austria,


9.Yoshiharu Y.Yamamoto, Mitsuhiro Matsuo, Junichi Obokata

Identification and characterization of promoters scattered in the Arabidopsis genome. The 10th International Colloquium on Endocytobiology and Symbiosis. September 10-13 2007 Gmunden,Austria,


10.山本義治、小保方潤一

高密度転写開始点解析から明らかになったシロイヌナズナのコアプロモーター構造の多様性

日本遺伝学会第79回大会 2007年9月19-21日、岡山大学、岡山


11.Yoshiharu Y.Yamamoto, Junichi Obokata

ppdb, a plant promoter database for rice and Arabidopsis

The 5th International Symposium of Rice Functional Genomics. October 15-17 2007, Tsukuba


12, 山本義治、小保方潤一

ppdb: 植物プロモーターデータベース

30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会合同大会 2007年12月12日、横浜




2008年


1.小林優介、阪本康司、高林厚史、山本義治、種村尚典、小保方潤一

植物オルガネラに特有な C-to-U RNA編集の分子機構の解明 ー RNA編集部位の多様化メカニズムー

ノバルティス科学振興財団20周年記念集会、2008年3月14日、東京會舘、東京


2.工藤久幸、山本義治、中邨真之、大谷将人、長谷川桂子、小保方潤一

光合成核遺伝子群にみられるTATA-less型プロモーターの転写開始位置決定機構

49回日本植物生理学会年会 2008年3月20日 札幌コンベンションセンター、札幌 


3.山本義治、吉次友昭、櫻井哲也、関原明、篠崎一雄、小保方潤一

高密度転写開始点解析から明らかになったシロイヌナズナのコアプロモーター構造の多様性

49回日本植物生理学会年会 2008年3月20日 札幌コンベンションセンター、札幌


4.高林厚史、石川規子、石田智、大林武、小保方潤一、遠藤剛、佐藤文彦

葉緑体NAD(P)H dehydrogenase(NDH)の未同定サブユニットの探索

49回日本植物生理学会年会 2008年3月20日 札幌コンベンションセンター、札幌


5.山本義治、小保方潤一

ppdb:植物プロモーターデータベース

49回日本植物生理学会年会 2008年3月20日 札幌コンベンションセンター、札幌


6.山本義治、種村尚典、遊佐陽一、平野弥生、平野義昭、本村泰三、小保方潤一

「盗葉緑体」によって光合成を行う嚢舌目ウミウシの検索

8回日本光合成研究会 2008年5月30日-31日 野依記念学術交流館、名古屋


7.松尾充啓、小保方潤一

光合成シグナルと呼吸シグナルによる光合成装置の相補的な形成制御

8回日本光合成研究会 2008年5月30日-31日 野依記念学術交流館、名古屋


8.高林厚史、石川規子、石田智、大林武、小保方潤一、遠藤剛、佐藤文彦

Bioinformaticsを利用したNADP(H) dehydrogenase (NDH) の未同定サブユニットの探索

8回日本光合成研究会 2008年5月30日-31日 野依記念学術交流館、名古屋


9.山本義治、小保方潤一

高等植物におけるコアプロモーターと遺伝子機能・構造の関係

日本遺伝学会第80回大会 2008年9月3日-5日 名古屋大学、名古屋



10.工藤久幸、山本義治、中邨真之、大谷将人、長谷川桂子、小保方潤一

プロモーター下流の転写領域による転写開始位置制御機構

日本遺伝学会第80回大会 2008年9月3日-5日 名古屋大学、名古屋


11. Yamamoto YY, Oboakta J

Promoter prediction from genome sequence

The 55th NIBB Conference & Arabidopsis Workshop 2008  "Frontier of Plant Science in the 21st Century"  Okazaki Conference Center, Okazaki  September 13-15, 2008


12. 山本義治、小保方潤一

ppdb 2.0: 植物プロモーターデータベース

BMB2008(第31回日本分子生物学会年会/第81回日本生化学会大会合同大会) 

2008年12月9-12 神戸ポートアイランド 神戸


13.工藤久幸、山本義治、中邨真之、大谷将人、長谷川桂子、小保方潤一

コード領域の上流近傍における転写開始位置の決定機構

BMB2008(第31回日本分子生物学会年会/第81回日本生化学会大会合同大会) 

2008年12月9-12 神戸ポートアイランド 神戸



2009年


1. 山本義治、小保方潤一 

コアプロモーターと遺伝子の構造や機能との関係

50回日本植物生理学会年会 2009年3月21-24日 名古屋大学、名古屋


2松尾充啓、福澤秀哉、田畑哲之、小保方潤一

クラミドモナスにおけるオルガネラ間相互作用の解析 ー単細胞藻類だからみえること」第7回クラミドモナスワークショッ

2009年3月26日 名古屋大学野依学術交流館


  1. 3.小保方潤一

シンビオジェネシスの基礎となるプロモーター獲得原理の解明

ゲノム特定領域横断植物研究会(岡崎基生研)2009年8月5日.


  1. 4.山本義治、松尾充啓、小保方潤一

シロイヌナズナ葉緑体ゲノム由来の核DNA(nupDNA)のプロモーター獲得について

日本遺伝学会年会(松本) 2009年9月16日.


  1. 5.山本義治、佐藤直樹、小保方潤一

植物プロモーターデータベースppdbの構築

日本育種学会秋季大会(札幌) 2009年9月26日.


6. 工藤久幸、山本義治、中邨真之、小保方潤一

Pol IIの転写開始位置の決定に関わるコード領域の役割

32回日本分子生物学会年会 2009年12月12日 パシフィコ横浜


  

2010年


  1. 1.工藤久幸、松尾充啓、木村宏、中邨真之、山本義治、小保方潤一 

植物核に挿入されたコード領域はヌクレオソームと転写単位の再編成を引き起こす

51回日本植物生理学会年会 2010年3月18日 熊本


  1. 2.小保方潤一 

ゲノムの流動性と転写制御系の再編成

平成21年度 京都府立大学重点戦略研究 「植物オルガネラをモデルとした細胞共生システムの成立機構の解明」 成果報告会 2010年3月26日 京都府立大学、京都


  1. 3.Obokata, J.

How organelle-derived coding region sequences obtained functional promoters in the nucleus.

ISE-XI The 11th International Colloquium on Endocytobiology and Symbiosis. August 29 to September 2, 2010, Tromso, Norway.


  1. 4.工藤久幸、松尾充啓、佐藤壮一郎、木村宏、中邨真之、山本義治、小保方潤一

植物核に挿入されたコード配列はクロマチンのリモデリングと転写領域の新生を引き起こす

2010年9月10日、日本植物学会第74回大会 中部大学、春日井


  1. 5.工藤久幸、松尾充啓、佐藤壮一郎、木村宏、中邨真之、山本義治、小保方潤一

クリプティックプロモーターの活性化メカニズムと転写領域の新生

2010年9月20日、日本遺伝学会第82回大会 北海道大学、札幌


6.松尾充啓,佐藤壮一郎,工藤久幸,中邨真之,山本義治,小保方潤一

構造遺伝子の挿入によるクリプティックプロモーターの活性化機構の解明

33回日本分子生物学会年会 2010年12月9日 神戸ポートアイランド 神戸



2011年


1.佐藤壮一郎, 松尾充啓,工藤久幸,木村宏、中邨真之,山本義治,小保方潤一

植物の核ゲノムにはATG開始コドンを介した新規プロモーターの出現メカニズムがある

52回日本植物生理学会年会 2011年3月 (東日本大震災のため誌上発表)


  1. 2.佐藤壮一郎、松尾充啓、工藤久幸、安井孝彰、木村宏、中邨真之、山本義治、小保方潤一

植物ゲノム上でのプロモーター機能領域の出現に対するATG開始コドンノ役割

日本植物学会第75回大会 2011年9月17日 東京


  1. 3.松尾充啓、 佐藤壮一郎、工藤久幸、安井孝彰、木村宏、中邨真之、山本義治、小保方潤一

植物の核ゲノムにはATG開始コドンを介したプロモーター機能領域の出現メカニズムがある

日本遺伝学会第83回大会 2011年9月20日 京都


4.佐藤壮一郎, 松尾充啓,工藤久幸,木村宏、中邨真之,山本義治,小保方潤一

遺伝子重複領域内のATG開始コドンの保存性が転写状態の持続性に及ぼす影響について

34回に本分子生物学会年会 2011年12月15日 横浜



2012年


1. 松尾充啓、 佐藤壮一郎、工藤久幸、安井孝彰、木村宏、中邨真之、山本義治、小保方潤一

高等植物において遺伝子コード領域の存在は転写型ジーンサイレンシングを抑制する

53回日本植物生理学会年会 2012年3月 京都


  1. 2.佐藤壮一郎、松尾充啓、工藤久幸、木村宏、中邨真之、山本義治、小保方潤一

遺伝子重複領域内のATG開始コドンが転写状態に与える影響について

53回日本植物生理学会年会 2012年3月 京都


  1. 3.石井寿季、 安井孝彰、中塚直樹、佐藤壮一郎、松尾充啓、平野弥生、本村泰三、小保方潤一

緑藻ハネモのオルガネラの蛍光標識と盗葉緑体研究への応用

53回日本植物生理学会年会 2012年3月 京都


4.Junichi Obokata
A new driving force for the functional gene transfer during endosymbiotic evolution: pol II promoter de novo origination,

Protists 2012.  29 July to 3 August, 2012, Oslo. Norway


5. 石井寿季、安井孝彰、中塚直樹、佐藤壮一郎、松尾充啓 、平野弥生、本村泰三、小保方潤一

緑藻ハネモ (Bryopsis plumosa) のオルガネラの蛍光標識と盗葉緑体研究への応

日本藻類学会第 36 回大会 2012年7月 札幌



6. 佐藤壮一郎、Babiychuk Elena、松尾充啓、坂本智昭、倉田哲也、Kushnir Sergei、小保方潤一

シロイヌナズナTFIIF変異体のゲノムワイド転写開始点解析

35回日本分子生物学会年会 2012年12月 福岡


7.  松尾充啓、片山裕樹、安井孝彰、中塚直樹、佐藤壮一郎、石井寿季、多和田佳織、平野弥生、本村泰三、小保方潤一

光合成ウミウシ卵における緑藻由来DNA配列の存在様式について

35回日本分子生物学会年会 2012年12月 福岡


8. 石井寿季、安井孝彰、佐藤壮一郎、松尾充啓、平野弥生、本村泰三、小保方潤一

緑藻ハネモ(Bryopsis plumosa)のオルガネラの蛍光標識と盗葉緑体研究への応用

35回日本分子生物学会年会 2012年12月 福岡



2013年



1.佐藤壮一郎、松尾充啓、工藤久幸、木村宏、中邨真之、山本義治、小保方潤一

遺伝子重複型偽遺伝子の転写状態の維持におけるATG配列の役割

54回日本植物生理学会年会 2013年3月 岡山 


2.石井寿季、安井孝彰、佐藤壮一郎、松尾充啓、平野弥生、本村泰三、小保方潤一
緑藻ハネモ(Bryopsis plumosa)の形質転換系の確立と光合成ウミウシの盗葉緑体研究への応用

54回日本植物生理学会年会 2013年3月 岡山 


3.小保方潤一
有殻アメーバPaulinella chromatophora における共生体ゲノムから宿主核への遺伝子移動

2回マトリョーシカ型生物学研究会 2013年7月 京都


4.佐藤壮一郎、松尾充啓、松崎素通、山本義治、小保方潤一

翻訳開始コドン欠損型の偽遺伝子化はゲノム上での転写領域の消失をひきおこす

2回マトリョーシカ型生物学研究会 2013年7月 京都


5.松尾充啓、片山裕樹、安井孝彰、中塚直樹、多和田香織、佐藤壮一郎、石井寿季、平野弥生、本村泰三、小保方潤一

海藻から光合成ウミウシへの遺伝情報の転移について

2回マトリョーシカ型生物学研究会 2013年7月 京都


6 石井寿季、安井孝彰、佐藤壮一郎、松尾充啓、平野弥生、本村泰三、小保方潤一

海藻オルガネラの蛍光標識系の開発と光合成ウミウシの盗葉緑体研究への応用

2回マトリョーシカ型生物学研究会 2013年7月 京都


7. 立川誠、長谷川綾香、高林厚史2、種村尚典、溝田香織、諏佐瑞穂、野村明子、若杉達也、小保方潤一

葉緑体のC-to-U RNA編集活性はRNaseによって失活する

15回日本RNA学会年会 2013年7月 松山


8. Satoh,S.,Matsuo,M., Kudo, H., Yamamoto Y. Y. and Obokata J.

Possible roles of ATG initiation codon in the maintenance and alteration of the transcriptome in the plant genome: hints for elucidating the molecular basis of EGT

The 12th International Colloquium on Endocytobiology and Symbiosis.  August 2013, Halifax, Canada


9.佐藤壮一郎、松尾充啓、松崎素道、山本義治、小保方潤一  

ATG開始コドン欠損型の偽遺伝子化はゲノム上で転写領域の消失を引き起こす

36回日本分子生物学会年会 2013年12月 神戸


10 立川誠、長谷川綾香、八木裕輔、高林厚、種村尚典、溝田香織、諏佐瑞穂、野村明子、中村崇裕、若杉達也、

小保方潤一 葉緑体のC-to-U RNA編集活性はRNaseによって失活する第36回日本分子生物学会年会 2013年12月 神戸




2014年

1.立川誠,長谷川綾香,八木祐介,高林厚史,種村尚典,溝田香織,諏佐瑞穂,野村明子,阪本康司,石浦正寛,若杉達也、中村崇裕,小保方潤一  In vitro RNA 編集におけるRNA 結合タンパク質の経時変化第55回日本植物生理学会年会 2014年3月 富山

2,有殻アメーバPaulinella chromatophoraにおけるシアネレから核に転移した遺伝子群の解析

松尾充啓、潟端篤、佐藤壮一郎、松崎素道、松本拓也、鶴岡愛、野村真未、壁谷如洋、中山卓郎、宮城島進也、石田健一郎、小保方潤一  第55回日本植物生理学会年会 2014年3月 富山 


3.松尾充啓、潟端篤、小保方潤一

有殻アメーバPaulinella chromatophoraのゲノム解析

3回マトリョーシカ型生物学研究会、2014年7月、神戸


4. 松尾充啓、潟端篤、水口洋平、野口英樹、豊田敦、藤山秋佐夫、鈴木穣、佐藤壮一郎、松崎素道、中山卓郎、神川龍馬、野村真未、壁谷如洋、宮城島進也、稲垣 祐司、石田健一郎、小保方潤一

有殻アメーバPaulinella chromatophoraのゲノム解析

37回日本分子生物学会年会、2014年11月、横浜


5. 潟端篤、松尾充啓、鈴木穣、水口洋平、野口英樹、豊田敦、藤山秋佐夫、佐藤壮一郎、松崎素道、中山卓郎、神川龍馬、野村真未、壁谷如洋、宮城島進也、稲垣 祐司、石田健一郎、小保方潤一

有殻アメーバPaulinella chromatophoraのトランスクリプトーム解析

37回日本分子生物学会年会、2014年11月、横浜


6. 立川誠、長谷川綾香、八木祐介、高林厚史、種村尚典、溝田香織、諏佐瑞穂、野村明子、阪本康司、石浦正寛、若杉達也、中村崇裕、小保方潤一

葉緑体RNAエディティング反応におけるRNA-タンパク質相互作用の経時解析

37回日本分子生物学会年会、2014年11月、横浜



2015年

1. 畑貴之, 高田直東, 立川誠, 松尾充啓, 佐藤壮一郎, 小保方潤一

TRIP法を用いた植物核ゲノム中の潜在的プロモーター領域の包括的解析系の構築

56回日本植物生理学会年会 2015年3月 東京


2.佐藤壮一郎、畑貴之、髙田直東、立川誠、松尾充啓、小保方潤一

TRIP法を用いた植物核ゲノムにおけるプロモーター新生領域の包括的解析

79回日本植物学会年会、2015年9月、新潟


3. Soichirou Satoh, Takayuki Hata, Naoto Takada, Makoto Tachikawa, Mitsuhiro Matsuo, and Junichi Obokata

Molecular basis of EGT and HGT: How do newly emerged/introduced protein-coding sequences in the eukaryotic genome become transcriptionally active?

The 2nd International Symposium. Matryoshka-type Evolution of Eukaryotic Cells.

September 30 - Octobor 2 2015 Tsukuba, Japan,


4.佐藤壮一郎、畑貴之、髙田直東、立川誠、松尾充啓、小保方潤一

TRIP法を用いた植物ゲノム上のクリプティックプロモーターの広範囲マッピング

38回日本分子生物学会年会、2015年12月、神戸


5. 畑貴之、高田直東、立川誠、松尾充啓、佐藤壮一郎、小保方潤一

シロイヌナズナ核ゲノム中におけるクリプティックプロモーターの配列的特徴について

38回日本分子生物学会年会、2015年12月、神戸


6.潟端篤、松尾充啓、 鈴木穣、水口洋平、野口英樹、豊田敦、藤山秋佐夫、佐藤壮一郎、松崎素道、中山卓 郎、神川龍馬、野村真未、稲垣裕司、石田健一郎、小保方潤一  

有殻アメーバ Paulinella chromatophora のゲノム・トランスクリプトームの解析より明らかとなったユニークな遺伝子構造とコアプロモーター構造   38 回 日本分子生物学会年会、 2015年12月、 神戸 




2016

1. 畑貴之、高田直東、立川誠、松尾充啓、佐藤壮一郎、小保方潤一

転移遺伝子の転写活性化は、その周辺領域の転写状態及びエピゲノムの撹乱を伴う

57回日本植物生理学会年会、2016年3月、盛岡


2. 高田直東、畑貴之、立川誠、松尾充啓、佐藤壮一郎、小保方潤一

シロイヌナズナ植物体におけるプロモーター獲得プロセスのEx-TRIP 法を用いたエピジェネティック解析

57回日本植物生理学会年会 2016年3月、盛岡


3.Junichi Obokata

How horizontal and endosymbiotic gene transfer occurs from the time scale of minutes to million years.

The 13th International Colloquium on Endocytobiology and Symbiosis. September 11 2016, Kyoto


4.Soichirou Satoh, Takayuki Hata, Naoto Takada, Makoto Tachikawa, Mitsuhiro Matsuo, Sergei Kushnir,

    and Junichi Obokata

DNA-barcode technology reveals integration-dependent stochastic transcription activation of the transgenes in the plant

genome: its iplication for the molecular basis of EGT and HGT

The 13th International Colloquium on Endocytobiology and Symbiosis. September 11-14  2016, Kyoto


  1. 5.Mitsuhiro Matsuo, Atsushi Katahata, Soichirou Satoh, Motomichi Matsuzaki, Mami Matsui, Ken-ichiro Ishida, Yuji Inagaki and Junichi Obokata

Evolutionary roles of SL-trans-splicing in the primary endosymbiosis.

The 13th International Colloquium on Endocytobiology and Symbiosis. September 11-14  2016, Kyoto



2017

1. 畑貴之, 佐藤壮一郎、髙田直東, 内木場友裕, 立川誠, 松尾充啓, Sergei Kushnir, 小保方潤一

転移核ではDNA断片の挿入イベントに伴う無差別な転写活性化が外来遺伝子配列の転写能獲得に大きく寄与している。

58回日本植物生理学会年会、2017年3月16日ー18日、鹿児島


  1. 2.Takayuki Hata, Soichirou Satoh, Naoto Takada, Tomohiko Uchikoba, Makoto Tachikawa, Mitsuhiro Matsuo,

Sergei Kushnir, and Junichi Obokata

Molecular basis of EGT and HGT: How transgenes azquire transcriptional competnce in the foreign genome.

Genome Evolution at Mishima  2017 March 27-29 National Institute of Genetics, Mishima


3.  Mitsuhiro Matsuo, Atsushi Katahata, Soichirou Satoh, Motomichi Matsuzaki, Mami Matsui, Ken-ichiro Ishida, Yuji Inagaki and Junichi Obokata

Evolutionary roles of SL-trans-splicing in the primary endosymbiosis..

Genome Evolution at Mishima  2017 March 27-29 National Institute of Genetics, Mishima


4. 松尾 充啓 , 潟端 篤 , 立川 誠  水口 洋平, 野口 英樹, 豊田 敦, 藤山 秋佐夫, 鈴木 穣, 中山 卓郎, 神川 龍馬, 野村 真未, 稲垣 祐司, 石田 健一郎, 小保方 潤一

有殻アメーバのゲノム解読による一次細胞内共生進化の初期プロセスの解析

日本植物学会第81回大会 2017年 9月8-10日  野田


5 Hata T., Satoh S., Takada N., Hayakawa C., Kazama M., Uchikoba T., Tachikawa M., Matsuo M,, Kushnir S., Obokata J., “Molecular basis of EGT and HGT: How bacterial transgenes express in the eukaryotic genome?”, Taiwan-Japan Plant Biology 2017, 2017年11月, 台北(台湾)



6 Hata T., Satoh S., Takada N., Uchikoba T., Tachikawa M., Matsuo M,, Kushnir S., Obokata J., “Molecular basis of transcriptional activation of transgenes: How the genome fluctuation influences its trasncriptome?” 2017年度生命科学系学会合同年次大会(ConBio2017)、2017年12月、神戸




2018

1. Hata T., Satoh S., Takada N., Hayakawa C., Kazama M., Tachikawa M., Matsuo M,, Kushnir S., Obokata J., Experimental evolution approach reveals stochastic behavior of transcriptional activation of transgenes in plant genome. 第59回日本植物生理学会年会、 2018年3月、札幌